Возраст горы около 230–260 миллионов лет. Юрактау, как и другие шиханы (Торатау, Куштау, Шахтау), представляет собой остаток древнего рифа Пермского моря, которое в те времена покрывало значительную часть Евразии. Рифы образовывались из кораллов, губок, известковых отложений и останков морских организмов.
Со временем море отступило, и в процессе тектонических движений рифы поднялись на поверхность в виде холмов-островов. Из-за уникального состава и структуры Юрактау называют естественным музеем палеонтологии: здесь можно найти фоссилии морских лилий, кораллов и брахиопод, которым сотни миллионов лет.
В башкирских преданиях Юрактау считается живой горой, а её имя можно перевести как "гора сердца" ("йөрәк" — «сердце» на башкирском). По легенде, гора символизирует сердце богатыря, пожертвовавшего собой ради народа. Местные жители считают, что гора излучает особую энергетику, а на вершине часто практикуют медитации и обряды.
Сейчас Юрактау имеет статус памятника природы регионального значения, и охраняется как часть уникального ландшафта Башкортостана. В отличие от Шахтау, который был разрушен ради добычи известняка, Юрактау, Торатау и Куштау сохраняются благодаря общественным усилиям и правовому статусу.
